El primer visitante moderno que vio Yaxchilán fue el aficionado inglés a las culturas antiguas Alfred Maudslay; el año era 1882 (Graham 2002). Salvo por las visitas religiosas de los lacandones, la ciudad había dormido unos mil años en el abrazo del peculiar pliegue en forma de herradura que forma el Usumacinta en esa parte, desde los tiempos de su último gobernante conocido, K'inich Tatbu Cráneo IV y de su apogeo durante el siglo VIII, bajo Itzamnaaj Bahlam III y su hijo, Pájaro Jaguar IV.

Los abundantes dinteles tallados de Yaxchilán registran una historia dinástica que se remonta a su fundación en el siglo cuatro, repleta de indicaciones de pugnas militares.

Los glifos emblema gemelos de Yaxchilán —como los pares de glifos emblema de Bonampak/Lacanha' y Cancuén/Machaquilá— bien podrían hacer referencia a la fusión de dos estados o quizás a un gobierno conjunto. El más prominente de los dos glifos emblema, que se lee pa' chan, "cielo roto/partido", originalmente consistía en un signo de cielo con un corte o desgarro, que a veces aparecía completamente dividido en dos. Posteriormente, evolucionó hasta adoptar la forma de una hendidura más sencilla. El segundo glifo emblema no aparece sino hasta las inscripciones de Itzamnaaj Bahlam III, aunque su uso es retrospectivo.

No hay textos contemporáneos que se remonten a los tiempos temprano de Yaxchilán, pero dos listas de reyes que datan, respectivamente, de mediados del siglo sexto y de finales del siglo octavo, brindan muchos detalles de la secuencia dinástica. La gran mayoría de la cronología la estableció Peter Mathews, en tanto que las fechas más tempranas las brindó el trabajo de Werner Nahm.

Lo anterior se basa en Chronicle of the Maya Kings and Queens de Simon Martin y Nikolai Grube (2008:117-119).

Según David Stuart (comunicación personal 1995, citado en Stephen Houston et al. 2003:236), la dinastía de Yaxchilán bien pudo haber tenido su origen en El Zotz, Bejucal u otros sitios vecinos del Petén central. Houston et al. consideran lo anterior en relación con la evidencia relacionada con los movimientos demográficos de reubicación, según parece verse también en los casos de Toniná y de Dos Pilas:

En resumen, hay fuertes indicativos de un "sembrado" de nuevos asientos dinásticos a partir de centros establecidos mucho más antiguos, con los cuales no necesariamente hubo siempre buenas relaciones. El ejemplo de El Zotz/Yaxchilán es especialmente sugerente, pues pareciera apuntar al modo en el que una antigua dinastía del Petén central podía ramificarse con el fin de ocupar o controlar un sitio sobre el Usumacinta (las diferentes posibilidades y razones para este tipo de movimientos demográficos se examinan en Houston 1993:100; siendo las luchas y la competencia intradinásticas el elemento motivador probable de mayor importancia). Existen pistas de que muchas dinastías de estas y otras zonas podrían haberse dividido en dos categorías: aquellas de dinastías longevas y largas listas de gobernantes en sucesión (en tabulación acumulativa contada a partir del fundador), como Altar de Sacrificios y Tamarindito (Houston 1993:figs. 4-17), y aquellas que parecen haber sido invasivas, con fundadores conocidos ya en tiempos históricos (i.e., post-8.13.0.0.0 [A.D. 297]). Yaxchilán y Piedras Negras encajan en esta categoría. Otros sitios, como Palenque, hacen referencia a posibles migraciones desde sitios del período Clásico temprano hacia sitios del Clásico tardío (Stuart and Houston 1994:31). Esta información sugiere que esto comportó al menos algunos movimientos organizados de población y que las razones para desplazarse parecieron apoyarse en varios factores, especialmente la búsqueda de nuevas y mejores oportunidades tanto para señores como para campesinos. (Houston et al. 2003:237, traducido del inglés)

Consultar también Un cielo partido: el antiguo nombe de Yaxchilan como Pa' Chan por Simon Martin